小班夫
doi：10.18129/b9.bioc.bambu
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅小班夫。
长读RNA-seq数据的参考引导的同工型重建和定量
生物导体版本：3.12
BAMBU是使用长读RNA-seq数据的多样本转录本发现和定量的R软件包。您可以在阅读对准后使用BAMBU来获得已知和新的转录本和基因的表达估计值。BAMBU的输出可直接用于可视化和下游分析，例如差异基因表达或转录本使用情况。
作者：Ying Chen [Cre，Aut]，Yuk Kei Wan [AUT]，Jonathan Goeke [aut]
维护者：ying chen
引用（从r内，输入引用（“ Bambu”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bambu”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Bambu”）
| html | R脚本 | 小班夫 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，覆盖范围，，，，差异性，，，，特征提取，，，，基因表达，，，，基因数，，，，基因组组件，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.0.3 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | GPL-3 +文件执照 |
| 要看 | r（> = 4.0.0），总结性特征（> = 1.1.6），S4VECTORS（> = 0.22.1），iranges |
| 进口 | 生物基因，，，，生物比较，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，统计Glmnet，，，，rsamtools， 方法，RCPP |
| 链接 | RCPP，，，，rcpparmadillo |
| 建议 | AnnotationDbi，，，，生物弦，，，，Biocfilecache，，，，GGPLOT2，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，GGBIO，，，，栅格，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，实验室（> = 1.15.3），deseq2，，，，纳米果仁糖，，，，BSGENOME，，，，apeglm，utils，dexseq |
| 系统要求 | |
| 增强 | 平行 |
| URL | https://github.com/goekelab/bambu |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 纳米果仁糖 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | bambu_1.0.3.tar.gz |
| Windows二进制 | bambu_1.0.3.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | bambu_1.0.3.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/bambu |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/bambu/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
