artMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.artMS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见artMS

质谱分析工具

Bioconductor版本:3.12

artMS提供了一套分析蛋白质组学无标签数据集的工具。它将MaxQuant搜索结果输出(evidence.txt文件)作为输入,并使用MSstats进行质量控制、相对量化、下游分析和集成。artMS还提供了一组函数来重新格式化并使其与其他分析工具兼容,包括SAINTq, SAINTexpress, Phosfate和PHOTON。详情请查看[http://artms.org](http://artms.org)。

作者:David Jimenez-Morales [aut, cre],亚历山大·罗莎·坎波斯[aut, ctb],约翰·冯·多伦[aut],尼万·克罗根[aut],丹尼尔·斯瓦尼[aut, ctb]

维护者:David Jimenez-Morales

引文(从R内,输入引用(“artMS”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("artMS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“artMS”)

超文本标记语言 R脚本 学会使用artMS
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释BiomedicalInformatics聚类DifferentialExpressionGeneSetEnrichmentImmunoOncologyMassSpectrometryMultipleComparison归一化蛋白质组学质量控制软件SystemsBiology
版本 1.8.3
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL(>= 3) +文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 AnnotationDbibiomaRtbit64circlize集群ComplexHeatmapcorrplotdata.tabledplyrfactoextraFactoMineRgetoptggdendroggplot2gplotsggrepelgProfileR,图形,grDevices,网格,limmaMSstatsopenxlsxorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dbPerformanceAnalyticspheatmap情节plyrRColorBrewer尺度seqinr统计数据,stringrtidyrUpSetR跑龙套,维恩图yaml
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://artms.org
BugReports https://github.com/biodavidjm/artMS/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 artMS_1.8.3.tar.gz
Windows二进制 artMS_1.8.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra) artMS_1.8.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artMS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/artMS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/artMS/
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