此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见apeglm.
Bioconductor版本:3.12
apeglm为各种GLM模型的效应大小提供贝叶斯收缩估计,使用个体系数的后验逼近。
作者:朱安琪[aut, cre], Joshua Zitovsky [ctb], Joseph Ibrahim [aut], Michael Love [aut]
维护者:Anqi Zhu < Anqi Zhu at live.unc.edu>
引文(从R内,输入引用(“apeglm”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("apeglm")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“apeglm”)
超文本标记语言 | R脚本 | 用apeglm估计效应量 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 贝叶斯,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | |
进口 | emdbook,SummarizedExperiment,GenomicRanges,方法,统计,utils,Rcpp |
链接 | Rcpp,RcppEigen,RcppNumerical |
建议 | DESeq2,气道,knitr,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | rnaseqGene |
进口我 | debrowser,DiffBind,exomePeak2 |
建议我 | bambu,BRGenomics,DESeq2,鱼池,NanoporeRNASeq |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | apeglm_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | apeglm_1.12.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | apeglm_1.12.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/apeglm |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/apeglm |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/apeglm/ |
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