微生物

DOI:10.18129 / B9.bioc.animalcules

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见微生物

交互式微生物组分析工具包

Bioconductor版本:3.12

animalcules是一个R包,用于使用最新的数据分析、可视化方法和机器学习模型,为用户提供一个易于使用的交互式微生物组分析框架。它可以作为一个独立的软件包使用,或者用户可以使用附带的交互式R Shiny应用程序来探索他们的数据。传统的微生物组分析,如α / β多样性和差异丰度分析得到了加强,而生物标志物鉴定等新方法则由微生物引入。由微生物生成的强大的交互式和动态图形使用户能够更好地理解他们的数据并发现新的见解。

作者:赵悦[aut, cre],安东尼·费德里科[aut]——埃文·约翰逊[au]

维护者:赵玥

引文(从R内,输入引用(微生物)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("animalcules")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(微生物)

超文本标记语言 R脚本 微生物
PDF 参考手册

细节

biocViews 报道宏基因组微生物组软件可视化
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 为了闪亮的shinyjsDESeq2脱字符号情节ggplot2rentrezreshape2covr素食主义者dplyrmagrittrMultiAssayExperimentSummarizedExperimentS4Vectors(> = 0.23.19),XMLforcats尺度晶格glmnettsneDMwR,plotROCDTreactable跑龙套,limma,方法,统计,宠物猫biomformatumap矩阵
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatusethis
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/compbiomed/animalcules
BugReports https://github.com/compbiomed/animalcules/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 animalcules_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 animalcules_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) animalcules_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/animalcules
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ animalculs
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/animalcules/
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