amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见amplican．

CRISPR实验自动化分析

Bioconductor版本:3.12

' amplican '执行扩增子读取的对齐，规范化收集的数据，计算多个统计数据(例如切割率，帧移)，并以汇总报告的形式呈现结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解，从而快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun [aut]， Eivind Valen [cph, cre]

维护者:Eivind Valen < Eivind。Valen在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("amplican")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“amplican”)

超文本标记语言		amplican常见问题解答
超文本标记语言	R脚本	amplican概述
超文本标记语言	R脚本	使用实例amplicon_report报表
超文本标记语言	R脚本	使用实例barcode_report报表
超文本标记语言	R脚本	使用实例group_report报表
超文本标记语言	R脚本	使用实例guide_report报表
超文本标记语言	R脚本	使用实例id_report报表
超文本标记语言	R脚本	示例索引报告
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，CRISPR，ImmunoOncology，软件，技术，qPCR
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4-3)
进口	Rcpp， utils (>= 3.4.1)，S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0)， stats (>= 3.4.1)，matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接	Rcpp
建议	testthat，BiocStyle，GenomicAlignments
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/valenlab/amplican
BugReports	https://github.com/valenlab/amplican/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	amplican_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	amplican_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	amplican_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/amplican
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/
软件包下载报告	下载数据