amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见amplican

CRISPR实验自动化分析

Bioconductor版本:3.12

' amplican '执行扩增子读取的对齐,规范化收集的数据,计算多个统计数据(例如切割率,帧移),并以汇总报告的形式呈现结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解,从而快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun [aut], Eivind Valen [cph, cre]

维护者:Eivind Valen < Eivind。Valen在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“amplican”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("amplican")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“amplican”)

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细节

biocViews 对齐CRISPRImmunoOncology软件技术qPCR
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 3.5.0),方法,BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4-3)
进口 Rcpp, utils (>= 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0), stats (>= 3.4.1),matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接 Rcpp
建议 testthatBiocStyleGenomicAlignments
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/valenlab/amplican
BugReports https://github.com/valenlab/amplican/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 amplican_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 amplican_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) amplican_1.12.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/amplican
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/
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