affxparser

DOI:10.18129 / B9.bioc.affxparser

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅affxparser。

Affymetrix SDK文件解析

Bioconductor版本:3.12

包解析Affymetrix文件(CDF,玻璃纸,共和人民党,BPMAP, BAR)。它提供了快速和内存高效方法解析Affymetrix文件使用Affymetrix融合的SDK。ASCII和基于二进制的文件支持。目前,有方法阅读芯片定义文件(CDF)和细胞强度文件(移动电话)。这些文件可以读取全部或部分。例如,探针信号从几probesets可以很快从一个组移动电话文件提取到一个方便的列表结构。

作者:亨利克·本特松(aut),布拉德(aut),罗伯特先生[所有],Kasper丹尼尔•汉森(aut (cre)吉姆·海丝特(施),马丁·摩根(施)

维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“affxparser”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,微阵列,OneChannel,ProprietaryPlatforms,软件
版本	1.62.0
Bioconductor自	BioC 1.7 (r - 2.2)(15.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.0)
进口
链接
建议	R.oo(> = 1.22.0),R.utils(> = 2.7.0),AffymetrixDataTestFiles
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser
BugReports	https://github.com/HenrikBengtsson/affxparser/issues
取决于我	斜体,pdInfoBuilder,斯塔尔
进口我	affyILM,cn.farms,crossmeta,EventPointer,GCSscore,GeneRegionScan,斜体,益生元
建议我	锡
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	affxparser_1.62.0.tar.gz
Windows二进制	affxparser_1.62.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	affxparser_1.62.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affxparser
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ affxparser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affxparser/
包下载报告	下载数据