XBSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.XBSeq

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅XBSeq。

测试RNA-seq数据的微分表达式

Bioconductor版本:3.12

XBSeq我们开发了一种新的算法,建立了一个统计模型基于假设观测信号是真实表达信号的卷积和测序的声音。映射读取non-exonic地区是测序的噪音,它遵循泊松分布。鉴于从RNA-seq数据可以衡量的观察和噪音信号,真实表达信号,假如由负二项分布,可以划定,因此差异表达基因的准确检测。

作者:刘远航

维护人员:远航刘< liuy12 uthscsa.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“XBSeq”)

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文档

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browseVignettes (“XBSeq”)

HTML	R脚本	微分表达式和apa使用XBSeq包使用统计数据的分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ExperimentalDesign,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	DESeq2R (> = 3.3)
进口	pracma,matrixStats,locfit,ggplot2、方法、Biobase,dplyr,magrittr,咆哮
链接
建议	knitr,DESeq,rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liuy12/XBSeq
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	XBSeq_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	XBSeq_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	XBSeq_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XBSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ XBSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/XBSeq/
包下载报告	下载数据