ViSEAGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.ViSEAGO

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ViSEAGO

ViSEAGO:一个Bioconductor包,用于使用基因本体和语义相似性聚类生物功能

Bioconductor版本:3.12

ViSEAGO包的主要目的是对生物功能进行数据挖掘,建立参与研究的基因之间的联系。我们在R中开发ViSEAGO,以促进功能基因本体(GO)分析复杂的实验设计,并进行多个兴趣比较。它允许一起研究大规模数据集,并可视化GO配置文件以获取生物学知识。首字母缩写代表了分析的三个主要概念:可视化、语义相似性和基因本体的丰富分析。它提供了对最近的当前GO注释的访问,这些注释是从NCBI EntrezGene, Ensembl或Uniprot数据库中检索到的几个物种。利用可用的R包和新颖的开发,ViSEAGO扩展了经典的功能GO分析,通过聚合密切相关的生物学主题,同时研究多个数据集,专注于功能一致性。它使用尊重GO图结构的交互功能提供了一个综合和详细的视图,并确保语义相似性提供的功能一致性。ViSEAGO已成功应用于不同物种的多个数据集,涉及各种生物学问题。结果可以很容易地在生物信息学家和生物学家之间共享,增强报告能力,同时保持可重复性。

作者:Aurelien Brionne [aut, cre], Amelie Juanchich [aut], Christelle hennequet-antier [aut]

维护:Aurelien Brionne < Aurelien。Brionne在inrae.fr>

引文(从R内,输入引用(“ViSEAGO”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ViSEAGO")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ViSEAGO”)

超文本标记语言 R脚本 1: ViSEAGO
超文本标记语言 R脚本 2: mouse_bionconductor
超文本标记语言 R脚本 3: fgsea_alternative
超文本标记语言 R脚本 4: SS_choice
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释聚类GeneSetEnrichmentMultipleComparison软件可视化
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6)
进口 data.tableAnnotationDbiAnnotationForgebiomaRtdendextendDTdynamicTreeCutfgseaGOSemSimggplot2GO.dbgrDevices,的热图htmlwidgetsigraph、方法、情节processxtopGORColorBrewerR.utils尺度统计数据,UpSetR,跑龙套
链接
建议 htmltoolsorg.Mm.eg.dblimmaRgraphvizBiocStyleknitrrmarkdowncorrplot遥控器BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/ViSEAGO.htmlhttps://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO
BugReports https://forgemia.inra.fr/UMR-BOA/ViSEAGO/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ViSEAGO_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 ViSEAGO_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ViSEAGO_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ViSEAGO
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ViSEAGO
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ViSEAGO/
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