VariantExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantExperiment

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见VariantExperiment

一个用于VCF/GDS数据和GDS后端的rangedsummarizeexperiment容器

Bioconductor版本:3.12

VariantExperiment是一个Bioconductor包,用于将VCF/GDS格式的数据保存到rangedsummarizeexperiment对象中。高通量遗传/基因组数据保存在GDSArray对象中。特征/样本标注数据以DelayedDataFrame格式保存,每列为一维GDSArray。分析数据和注释数据的磁盘上表示实现了磁盘上的读取和处理,并显著节省内存空间。rangedsummarizeexperiment数据格式的界面,可以通过R和Bioconductor中常见的summarizeexperiment隐喻,轻松和通用地操作高通量遗传/基因组数据。

作者:刘谦[aut, cre], Hervé Pagès [aut], Martin Morgan [aut]

维护者:刘谦<钱。roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“VariantExperiment”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("VariantExperiment")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantExperiment”)

超文本标记语言 R脚本 VariantExperiment-class
超文本标记语言 R脚本 VariantExperiment-methods
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataRepresentationGenomeAnnotationGenotypingArray基础设施测序软件
版本 1.4.2
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6.0),S4Vectors(> = 0.21.24),SummarizedExperiment(> = 1.13.0),GenomicRangesGDSArray1.3.0(> =版本),DelayedDataFrame(> = 1.0.0)
进口 工具,utils,统计,方法,gdsfmtSNPRelateSeqArraySeqVarToolsDelayedArrayBiostringsIRanges
链接
建议 testthatknitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment
BugReports https://github.com/Bioconductor/VariantExperiment/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 VariantExperiment_1.4.2.tar.gz
Windows二进制 VariantExperiment_1.4.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) VariantExperiment_1.4.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VariantExperiment/
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