verso
doi：10.18129/b9.bioc.verso
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅verso。
病毒进化重建（VERSO）
生物导体版本：3.12
大流行期间病毒基因组迅速积累的突变可用于跟踪病毒的演变，并因此揭示病毒感染网络。在此范围内，可以使用该病毒的测序样本来估算基因组流行病学的模型，例如，可以通过发现隐性传播来估计未发现感染者的比例，并预测受感染的趋势的可能趋势。，住院，死亡和康复的人。Verso是一种算法框架，可处理来自病毒样品的变体，以产生病毒进化的系统发育模型。该方法通过最大化对数可能的函数来解决带有系统发育约束的布尔矩阵分解问题。Verso包括两个单独的后续步骤；在此软件包中，我们提供了Verso步骤1的R实现。
作者：Daniele Ramazzotti [AUT]
，Fabrizio Angaroni [AUT]，Davide Maspero [CRE，AUT]，Alex Graudenzi [AUT]，Luca de Sano [CTB]
维护者：Davide Maspero
引用（从r内，输入引用（“ Verso”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ verso”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Verso”）
| R脚本 | verso | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 生物医学信息学，，，，测序，，，，软件，，，，somaticmmut |
| 版本 | 1.0.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | 文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.0.0） |
| 进口 | 猿， 平行，rfast，统计 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物基因，，，，生物使用，，，，测试，，，，尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/bimib-disco/verso |
| BugReports | https://github.com/bimib-disco/verso |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | verso_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | verso_1.0.0.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | verso_1.0.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/verso |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/verso |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/verso/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
