VCFArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.VCFArray

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VCFArray

将磁盘/远程VCF文件表示为类数组对象

Bioconductor版本:3.12

VCFArray扩展了DelayedArray代表VCF数据条目数组类对象与磁盘/远程VCF文件作为后端。数据条目从VCF文件,包括信息字段,字段的格式,和固定的列(REF, ALT、定性、过滤器)可以被转换成VCFArray实例具有不同维度。

作者:钱氏(aut (cre),马丁·摩根(aut)

维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >

从内部引用(R,回车引用(“VCFArray”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VCFArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VCFArray”)

HTML R脚本 VCFArray: DelayedArray对象与磁盘/远程VCF后端
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation,基础设施,测序,软件,VariantAnnotation
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R(> = 3.6),方法,BiocGenerics,DelayedArray(> = 0.7.28)
进口 工具,GenomicRanges,VariantAnnotation(> = 1.29.3),GenomicFiles(> = 1.17.3),S4Vectors(> = 0.19.19),Rsamtools
链接
建议 SeqArray,BiocStyle,BiocManager,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Liubuntu/VCFArray
BugReports https://github.com/Liubuntu/VCFArray/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 VCFArray_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 VCFArray_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉) VCFArray_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VCFArray
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VCFArray
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VCFArray/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网