Uniquorn

DOI:10.18129 / B9.bioc.Uniquorn

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Uniquorn．

基于加权突变/变分指纹的癌细胞系鉴定

Bioconductor版本:3.12

该软件包使用户能够识别癌细胞系。癌症细胞系的错误识别和交叉污染是癌症研究人员面临的重大挑战。基于体细胞和种系突变/变异的位置/位点的鉴定是至关重要的。输入格式为vcf/ vcf.gz，文件必须包含单个癌细胞株样本(即vcf文件中的单个成员/基因型/gt列)。所实现的方法针对下一代全外显子组和全基因组dna测序技术进行了优化。RNA-seq数据很可能同样有效，但还没有经过严格的测试。Panel-seq将需要手动调整阈值

作者:Raik Otto

维护者:'Raik Otto' < Raik。奥托在hu-berlin.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Uniquorn")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Uniquorn”)

超文本标记语言	R脚本	Uniquorn装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExomeSeq，ImmunoOncology，软件，StatisticalMethod，WholeGenome
版本	2.10.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	stringr，R.utils，WriteXLS统计数据,doParallel，foreach，GenomicRanges，IRanges，VariantAnnotation
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Uniquorn_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	Uniquorn_2.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Uniquorn_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Uniquorn
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Uniquorn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Uniquorn/
软件包下载报告	下载数据