Ularcirc

DOI:10.18129 / B9.bioc.Ularcirc

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Ularcirc．

用于规范和反向剪接分析(即圆形和mRNA分析)的闪亮应用程序

Bioconductor版本:3.12

Ularcirc读取STAR对齐的拼接结文件，并为拼接分析提供可视化和分析工具。用户可以评估反向连接和正向规范连接。

作者:David Humphreys [aut, cre]

维护者:David Humphreys

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Ularcirc”)

超文本标记语言	R脚本	Ularcirc
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，注释，报道，DataRepresentation，DifferentialSplicing，遗传学，测序，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationHub，AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，data.table(> = 1.9.4),DT，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，GenomeInfoDbData，GenomicAlignments，GenomicRanges，ggplot2，ggrepel，gsubfn，mirbase.db，时刻，Organism.dplyr，S4Vectors，闪亮的，shinydashboard，shinyFiles，shinyjs，寿司，yaml
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BiocStyle，httpuv，knitr，org.Hs.eg.db，rmarkdown，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Ularcirc_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	Ularcirc_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Ularcirc_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Ularcirc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Ularcirc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Ularcirc/
软件包下载报告	下载数据