TFHAZ

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFHAZ

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见TFHAZ．

转录因子高聚集区

Bioconductor版本:3.12

它发现了转录因子(TF)高积累的DNA区域，即沿基因组有不同转录因子高存在的区域。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始，对于所选染色体的每个碱基，计算TF的积累。有三种不同类型的积累(TF、区域和基底积累)，在单基底积累计算中，可以考虑TF不仅出现在该单个基底中，而且出现在其附近，在给定宽度的窗口内。有两种不同的寻找TF高聚集DNA区域的方法，称为“结合区”和“重叠区”。此外，还提供了一些函数，以分析、可视化和比较不同输入参数所获得的结果。

作者:Alberto Marchesi, Marco Masseroli

维护者:Alberto Marchesi < Alberto。3月91日在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("TFHAZ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TFHAZ”)

超文本标记语言	R脚本	TFHAZ
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiologicalQuestion，ChIPSeq，报道，软件，转录
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)
进口	GenomicRanges，S4Vectors， grDevices，图形，统计，utils，IRanges、方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TFHAZ_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	TFHAZ_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TFHAZ_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFHAZ
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFHAZ
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFHAZ/
软件包下载报告	下载数据