TFEA.ChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TFEA.ChIP

分析转录因子浓缩

Bioconductor版本:3.12

包分析转录因子浓缩在一组基因利用ChIP-Seq实验数据。

作者:劳拉朋地Santamaria, Luis del比索

维护人员:劳拉朋地Santamaria < lpsantamaria在iib.uam.es >

从内部引用(R,回车引用(“TFEA.ChIP”)):

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFEA.ChIP”)

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HTML R脚本 TFEA.ChIP: a tool kit for transcription factor enrichment
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文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.3)
进口 GenomicRanges,IRanges,biomaRt,GenomicFeaturesgrDevices,dplyr,统计,跑龙套,R.utils、方法、org.Hs.eg.db
链接
建议 knitr,rmarkdown,S4Vectors,情节,尺度,tidyr,ggplot2,GSEABase,DESeq2,BiocGenerics,ggrepel,rcompanion,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
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包档案

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源包 TFEA.ChIP_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 TFEA.ChIP_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉) TFEA.ChIP_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFEA.ChIP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TFEA.ChIP/
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