Structstrings

DOI:10.18129 / B9.bioc.Structstrings

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Structstrings。

实施点与Biostrings括号注释

Bioconductor版本:3.12

Structstrings包实现了广泛使用的点括号注释存储在结构化的RNA碱基配对信息。Structstrings使用Biostrings包提供的基础设施和DotBracketString和相关类来自型类。从这些,碱基对表可以进行深度分析。此外,循环指数的碱基对可以检索。为了更好的效率,实现信息转换,在C语言中,启发很大扩展ViennaRNA包。

作者:Felix通用恩斯特(aut (cre)

维修工:Felix通用恩斯特< felix.gm。恩斯特在outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Structstrings”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Structstrings”)

HTML	R脚本	Structstrings
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,DataImport,DataRepresentation,基础设施,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.6.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),Biostrings(> = 2.57.2)
进口	方法,BiocGenerics,XVector,stringr,stringi,蜡笔,grDevices
链接	IRanges,S4Vectors
建议	testthat,knitr,rmarkdown,tRNAscanImport,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FelixErnst/Structstrings
BugReports	https://github.com/FelixErnst/Structstrings/issues
取决于我	tRNA,tRNAdbImport
进口我	tRNAscanImport
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Structstrings_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	Structstrings_1.6.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	Structstrings_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Structstrings
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Structstrings
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Structstrings/
包下载报告	下载数据