斯塔尔

DOI:10.18129 / B9.bioc.Starr

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此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见斯塔尔．

Affymetrix芯片-芯片数据的简单平铺阵列分析

Bioconductor版本:3.12

Starr促进了ChIP-chip数据的分析，特别是Affymetrix平铺阵列的数据分析。该软件包提供了数据导入、质量评估、数据可视化和探索等功能。此外，它还包括高级分析功能，如ChIP信号与注释特征的关联，ChIP信号与其他基因组数据(如基因表达)的相关性分析，CMARRT算法的寻峰和ChIP-profiles的多个聚类的比较显示。它使用基本的Bioconductor类ExpressionSet和probeAnno，以最大限度地兼容Bioconductor上的其他软件。来自Starr的所有函数都可以用于调查来自Ringo包的预处理数据，反之亦然。一个重要的新工具是自动生成正确的、最新的微阵列探针注释(bpmap)文件，它依赖于短序列(例如微阵列上的探针序列)到任意基因组的有效映射。

作者:Benedikt Zacher, Johannes soding, Pei Fen Kuan, Matthias Siebert, Achim Tresch

维护者:Benedikt Zacher < Zacher at lmb.uni-muenchen.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Starr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPchip，DataImport，微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	林格，affy，affxparser
进口	pspline，质量，zlibbioc
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	诊断
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Starr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Starr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Starr/
软件包下载报告	下载数据