猎犬

DOI:10.18129 / B9.bioc.Spaniel

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见猎犬

空间转录组学分析

Bioconductor版本:3.12

Spaniel包括一系列工具来帮助空间转录组数据的质量控制和分析。该包包含从计数矩阵和空间条形码文件创建Seurat对象或singlecel实验的函数,并提供了将组织学图像加载到r中的方法。spanielPlot函数允许将包含在S4对象中的指标可视化覆盖到组织图像上。

作者:瑞秋·奎恩<瑞秋。纽卡斯尔女王>

维护者:Rachel Queen < Rachel。纽卡斯尔女王>

引文(从R内,输入引用(“猎犬”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Spaniel")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“猎犬”)

超文本标记语言 R脚本 使用猎犬
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类报道DataImportDataRepresentationGeneExpression基础设施归一化预处理质量控制RNASeq测序SingleCell软件转录组可视化
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6),修拉SingleCellExperimentSummarizedExperimentdplyr
进口 方法,ggplot2(> = 1.13.27),闪亮的jpegmagrittr跑龙套,S4Vectors
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatdevtools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 Spaniel_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 Spaniel_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) Spaniel_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Spaniel
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Spaniel
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Spaniel/
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