SomaticSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SomaticSignatures

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SomaticSignatures。

体细胞签名

Bioconductor版本:3.12

SomaticSignatures包标识单核苷酸变异的突变特征(SNVs)。它提供了一个基础设施相关Nik-Zainal描述的方法(2012单元),与弹性矩阵分解算法。

作者:朱利安格林

维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SomaticSignatures”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SomaticSignatures”)

HTML	R脚本	SomaticSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	2.26.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.1.0),VariantAnnotation,GenomicRanges,NMF
进口	S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,ggplot2,ggbio,reshape2,NMF,pcaMethods,Biobase、方法、代理
链接
建议	testthat,knitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,SomaticCancerAlterations,ggdendro,fastICA,股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures
BugReports	https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我	Rariant,YAPSA
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SomaticSignatures_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	SomaticSignatures_2.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SomaticSignatures_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SomaticSignatures
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/
包下载报告	下载数据