SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SingleCellExperiment．

单单元数据S4课程

Bioconductor版本:3.12

定义一个S4类，用于存储来自单单元实验的数据。这包括用于存储和检索峰值信息、每个细胞的降维坐标和大小因子的专门方法，以及用于基因和文库的常用元数据。

作者:Aaron Lun [aut, cph]， Davide Risso [aut, cre, cph]， Keegan Korthauer [ctb]， Kevin Rue-Albrecht [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" singlecel实验")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SingleCellExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.对singlecel实验类的介绍
超文本标记语言	R脚本	2.围绕着singlecel实验类进行开发
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，ImmunoOncology，基础设施，SingleCell，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法，utils, stats，S4Vectors，BiocGenerics
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，矩阵，scRNAseq，Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	基础知识，后面;，BayesSpace，催化剂，CellBench，CellTrails，印度豹，clusterExperiment，cydar，cytomapper，DropletUtils，ExperimentSubset，HCAData，iSEE，LoomExperiment，桅杆，MouseGastrulationData，muscData，scAlign，嘘，scDataviz，scGPS，schex，scPipe，食物，scRNAseq，天窗，singleCellTK，猎犬，SpatialExperiment，spatialLIBD，飞溅，switchde，TENxBrainData，TENxPBMCData，tidySingleCellExperiment，TMExplorer，TreeSummarizedExperiment，zinbwave
进口我	ADImpute，aggregateBioVar，bayNorm，BEARscc，ccfindR，celda，CellMixS，ChromSCape，CiteFuse，clustifyr，CoGAPS，科拉尔，命运，截然不同的，dittoSeq，逃避，fcoex，HCAMatrixBrowser，河马，ILoReg，infercnv，iSEEu，LineagePulse，mbkmeans，MetaNeighbor，马斯喀特，Nebulosa，netSmooth，NewWave，peco，phemd，pipeComp，SC3，scBFA，scCB2，scDblFinder，scDD，scds，散粒，scmap，scMerge，SCnorm，scp，scRepertoire，颈背，用水晶球占卜，scTensor，scTGIF，SingleCellMultiModal，激流回旋，弹弓，SPsimSeq，tradeSeq，TSCAN，伶盗龙，waddR，zellkonverter
建议我	CellaRepertorium，DEsingle，多萝西娅，DuoClustering2018，FCBF，鱼池，M3Drop，MOFA2，ontoProc，phenopath，后代，PubScore，QFeatures，scFeatureFilter，scPCA，scRecover，simpleSingleCell，单，TabulaMurisData
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SingleCellExperiment_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SingleCellExperiment_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ singlecel实验
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellExperiment/
软件包下载报告	下载数据