ShortRead

DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ShortRead

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.12

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和修改读取以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为dnastringset派生的对象,并且很容易为各种目的进行操作。这个包还包含了对早期单端、无捕获对齐格式的遗留支持。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙·安德斯

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“ShortRead”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ShortRead")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF R脚本 ShortRead简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport质量控制测序软件
版本 1.48.0
在Bioconductor BioC 2.3 (R-2.8)(12.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallelBiostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口 BiobaseS4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc晶格latticeExtra
链接 S4VectorsIRangesXVectorBiostringsRhtslibzlibbioc
建议 BiocStyleRUnitbiomaRtGenomicFeaturesyeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 chipseqEatonEtAlChIPseqEDASeqesATACgirafeHTSeqGenieNestLinkOTUbaseRqcsegmentSeq测序systemPipeR
进口我 amplicanArrayExpressHTSbasecallQC击败chipseqChIPseqRChIPsimdada2easyRNASeqFastqCleaner哥特icetea电离MACPETngsReports诊断QuasRR453Plus1ToolboxRSVSim颈背UMI4Cats
建议我 BiocParallelCSARDBChIPGenomicAlignmentsHiCDataLymphoblastRepitoolsRsamtoolsS4VectorsyeastRNASeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ShortRead_1.48.0.tar.gz
Windows二进制 ShortRead_1.48.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) ShortRead_1.48.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ShortRead
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
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