SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqSQC．

用于样本质量检查的生物导体包与下一代测序数据

Bioconductor版本:3.12

SeqSQC旨在识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐相关性和总体异常值的样本。

作者:刘谦[aut, cre]

维护者:Qian Liu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SeqSQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SeqSQC”)

超文本标记语言	R脚本	用SeqSQC进行下一代测序数据的样本质量检查
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	实验数据，基因组，Homo_sapiens_Data，Project1000genomes，测序数据，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)，ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071，GenomicRanges，gdsfmt，ggplot2，GGally，IRanges、方法、rbokeh，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC
BugReports	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SeqSQC_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SeqSQC_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqSQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqSQC/
软件包下载报告	下载数据