斯坦

doi：10.18129/b9.bioc.stan

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅斯坦。

基因组态注释软件包

生物导体版本：3.12

使用隐藏的马尔可夫模型分割的基因组分割已成为注释基因组元素（例如启动子和增强子）的有用工具。Stan（基因组状态注释）使用各种不同的概率分布实现隐藏的Markov模型（HMMS），这些模型可以建模广泛的当前基因组数据（例如连续，离散，二进制）。斯坦·德诺（Stan de Novo）将基因组学习并注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可能反映了不同的基因组相关蛋白复合物（例如“转录状态”）或描述染色质特征的重复模式（称为“染色质状态”）。与其他工具不同，Stan还允许集成链特异性（例如RNA）和非链接特异性数据（例如芯片）。

作者：Benedikt Zacher，Julia Ertl，Rafael Campos-Martin，Julien Gagneur，Achim Tresch

维护者：rafael campos-martin

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ stan”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Stan”）

PDF	R脚本	基因组态注释软件包
PDF		参考手册

细节

生物浏览	chipseq，，，，芯片奇普，，，，基因数，，，，HiddenMarkovModel，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	2.18.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	方法，poilog， 平行
进口	基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，GenomeInfodB，，，，GVIZ，，，，rsolnp
链接
建议	生物使用，，，，GPLOTS，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	stan_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	stan_2.18.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	stan_2.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/stan
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/stan
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/stan/
软件包下载报告	下载统计