斯坦

doi:10.18129/b9.bioc.stan

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅斯坦

基因组态注释软件包

生物导体版本:3.12

使用隐藏的马尔可夫模型分割的基因组分割已成为注释基因组元素(例如启动子和增强子)的有用工具。Stan(基因组状态注释)使用各种不同的概率分布实现隐藏的Markov模型(HMMS),这些模型可以建模广泛的当前基因组数据(例如连续,离散,二进制)。斯坦·德诺(Stan de Novo)将基因组学习并注释为给定数量的“基因组状态”。例如,“基因组状态”可能反映了不同的基因组相关蛋白复合物(例如“转录状态”)或描述染色质特征的重复模式(称为“染色质状态”)。与其他工具不同,Stan还允许集成链特异性(例如RNA)和非链接特异性数据(例如芯片)。

作者:Benedikt Zacher,Julia Ertl,Rafael Campos-Martin,Julien Gagneur,Achim Tresch

维护者:rafael campos-martin

引用(从r内,输入引用(“ Stan”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ stan”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Stan”)

PDF R脚本 基因组态注释软件包
PDF 参考手册

细节

生物浏览 chipseq,,,,芯片奇普,,,,基因数,,,,HiddenMarkovModel,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 2.18.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(6。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 方法,poilog, 平行
进口 基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,GVIZ,,,,rsolnp
链接
建议 生物使用,,,,GPLOTS,,,,尼特
系统要求
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包装档案

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源包 stan_2.18.0.tar.gz
Windows二进制 stan_2.18.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) stan_2.18.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/stan
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/stan
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/stan/
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