Smite
doi：10.18129/b9.bioc.smite
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Smite。
基于显着性的模块集成了转录组和表观基因组
生物导体版本：3.12
该软件包建立在Epimods框架上，该框架有助于使用Spinglass算法在Illumina Infinium 27K阵列上找到加权子网（“模块”），如IGRAPH软件包中实现。我们创建了与任何研究人员的p值和效应大小和得分相关的以基因为中心的注释，以查找功能模块。
作者：Neil Ari Wijetunga，Andrew Damon Johnston，John Murray Greally
维护者：neil ari wijetunga
引用（从r内，输入引用（“ Smite”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ smite”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Smite”）
| R脚本 | Smite教程 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 覆盖范围，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，基因数，，，，免疫学，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.3），基因组机 |
| 进口 | 秤，，，，plyr，，，，HMISC，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，GGPLOT2，，，，Reactome.db，，，，keggrest，，，，Bionet，，，，Goseq， 方法，iranges，，，，Igraph，，，，生物酶， 工具，S4VECTORS，，，，Genelendatabase，grdevices，图形，统计，utils |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/greallylab/smite |
| BugReports | https://github.com/greallylab/smite/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | smite_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | smite_1.18.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | smite_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/smite |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/smite |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/smite/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
