SICtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.SICtools

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SICtools

找到两个有密切关系的bam文件之间的SNV/Indel差异

Bioconductor版本:3.12

这个包是通过对感兴趣的基因组区域的每个碱基位置进行两两比较的方式,找到两个关系近的bam文件之间的SNV/Indel差异。通过fisher检验和欧几里得距离推断其差异,其输入为给定位置的基数计数(A,T,G,C)和indel区域两侧跨度不小于2bp的indel的读计数。

作者:邢晓斌,吴伟

维护人员:Xiaobin Xing

引文(从R内,输入引用(“SICtools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SICtools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SICtools”)

PDF R脚本 使用SICtools
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐报道DataImport质量控制单核苷酸多态性SequenceMatching测序软件VariantDetection
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(>= 3.0.0),方法,Rsamtools(> = 1.18.1),doParallel(> = 1.0.8),Biostrings(> = 2.32.1),stringr(> = 0.6.2),matrixStats(> = 0.10.0),plyr(> = 1.8.3),GenomicRanges(> = 1.22.4),IRanges(> = 2.4.8)
进口
链接
建议 knitrRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SICtools_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) SICtools_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SICtools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SICtools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SICtools/
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