SIAMCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIAMCAT

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SIAMCAT。

统计推断微生物群落和主机表型之间的关联

Bioconductor版本:3.12

管道统计推断的微生物群落和主机表型之间的关联(SIAMCAT)。分析微生物数据的主要目标是确定社区组成的变化与环境因素有关。特别是人类微生物组成与主机表型等疾病已经成为激烈的研究领域。为此,健壮的统计建模和生物标记提取工具包至关重要的需要。SIAMCAT提供了一个完整的管道支持数据预处理,统计协会测试、统计建模(套索逻辑回归),包括工具的评估和解释这些模型(如交叉验证、参数选择、ROC分析和诊断模型的情节)。

作者:康拉德Zych (aut),Jakob Wirbel (aut (cre)泽勒,Georg (aut),摩根埃塞克斯(施),尼科莱因为Karcher[所有],Kersten布鲁尔(施)

维护人员:Jakob Wirbel <雅克布。在embl.de wirbel >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SIAMCAT”)

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文档

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HTML	R脚本	SIAMCAT基本装饰图案
HTML	R脚本	SIAMCAT抵抗测试装饰图案
HTML	R脚本	SIAMCAT.input
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,FeatureExtraction,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,预处理,回归,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0),高钙,phyloseq
进口	beanplot,glmnet、图形grDevices、网格gridBase,gridExtra,LiblineaR,matrixStats、方法、ParamHelpers,pROC,PRROC,RColorBrewer,尺度统计数据,stringr跑龙套,infotheo,进步,corrplot
链接
建议	BiocStyle,optparse,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

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源包	SIAMCAT_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	SIAMCAT_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SIAMCAT_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIAMCAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SIAMCAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIAMCAT/
包下载报告	下载数据