范围

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCOPE

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见范围．

单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法

Bioconductor版本:3.12

全基因组单细胞DNA测序(scDNA-seq)能够在细胞水平上对拷贝数谱进行表征。这避免了与大体积组织测序相关的平均效应，提高了分辨率，但减少了反进化癌症亚克隆和阐明癌症进化史的模糊性。然而，由于在文库准备和测序过程中引入的偏差和伪影，即使在同质细胞群中，ScDNA-seq数据也是稀疏的、有噪声的和高度可变的。在这里，我们提出SCOPE，一种用于scDNA-seq数据的归一化和拷贝数估计方法。SCOPE的显著特征包括:(i)利用细胞特异性基尼系数进行质量控制和正常/二倍体细胞的鉴定，这些细胞进一步用作泊松潜在因子模型中的阴性对照样本进行归一化;(ii)使用嵌入在泊松广义线性模型中的期望最大化算法对GC含量偏差建模，该算法解释了基因组中不同的拷贝数状态;(iii)跨样本迭代分割程序，以识别来自相同遗传背景的细胞间共享的断点。

作者:王如金，林丹宇，姜宇超

维护者:Rujin Wang < Rujin at emem.unc.edu >

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SCOPE")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	范围:单细胞拷贝数估计
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐，CopyNumberVariation，报道，DNASeq，DataImport，归一化，质量控制，测序，SingleCell，软件，WholeGenome
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，GenomeInfoDb，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
进口	统计，grDevices，图形，utils，DescTools，RColorBrewer，gplots，foreach平行,doParallel，DNAcopy，BSgenome，Biostrings，BiocGenerics，S4Vectors
链接
建议	knitr，rmarkdown，WGSmapp，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
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包档案

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源包	SCOPE_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SCOPE_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SCOPE_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCOPE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SCOPE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCOPE/
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