SCATE

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCATE

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCATE。

SCATE:单细胞ATAC-seq信号提取和增强

Bioconductor版本:3.12

SCATE是一种软件工具,提取和提高稀疏和离散单细胞ATAC-seq信号。单细胞测序鉴定为transposase-accessible染色质(scATAC-seq)是最先进的技术在单个细胞分析全基因组监管景观。单细胞ATAC-seq数据稀疏和噪声,分析这些数据是具有挑战性的。现有计算方法不能准确地重建活动的个人基因元素(不尽在单个细胞或罕见的细胞亚群。从co-activated SCATE开发自适应集成信息,类似细胞,公开regulome数据和大幅增加个人不尽的精度估算活动。我们证明SCATE可以用来更好的重建异类样本的监管环境。

作者:至诚霁(aut)、周(aut) Wenpin侯(cre, aut),Hongkai霁(aut)

维护人员:Wenpin侯< wp。在gmail.com hou3 >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SCATE”)

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文档

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HTML	R脚本	1。SCATE包
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,基因组,SNPData,SequencingData,SingleCellData,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	平行,preprocessCore样条函数,splines2,xgboost,SCATEData,Rtsne,mclust
进口	跑龙套,统计数据,GenomicAlignments,GenomicRanges
链接
建议	rmarkdown,ggplot2,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Winnie09/SCATE/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SCATE_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SCATE_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SCATE_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCATE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCATE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCATE/
包下载报告	下载数据