rsubread
doi：10.18129/b9.bioc.rsubread
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅rsubread。
测序数据的映射，量化和变体分析
生物导体版本：3.12
RNA测序数据（包括大量RNA-SEQ和SCRNA-SEQ）和DNA序列数据（包括ATAC-SEQ，CHIP-SEQ，WGS，WES等）的对齐，定量和分析。包括用于读取映射，读取计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现的功能。可以应用于所有主要的测序技术，以及短顺序读取。
作者：Wei Shi，Yang Liao和Gordon K Smyth，珍妮Dai的贡献
维护者：wei shi
引用（从r内，输入引用（“ rsubread”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rsubread”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rsubread”）
| R脚本 | rsubread vignette | |
| subreaduserguide.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，chipseq，，，，基因表达，，，，GeneFusionDetection，，，，结肠管制，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，基因数，，，，免疫学，，，，indeldetection，，，，乘以quessequealignment，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，SNP，，，，测序，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出 |
| 版本 | 2.4.3 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.8（R-2.13）（10年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | |
| 进口 | grdevices，统计，utils，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread |
| 取决于我 | DEBLUSTER，，，，samexplorer |
| 进口我 | apalyzer，，，，杜普拉达尔，，，，弗雷泽，，，，RibosomeProfilingQC，，，，颈背 |
| 建议我 | 冰茶，，，，scpipe，，，，Singlecelltk，，，，tidybulk |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rsubread_2.4.3.3.tar.gz |
| Windows二进制 | rsubread_2.4.3.3.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | rsubread_2.4.3.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsubread |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rsubread |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
