RnBeads

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnBeads

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RnBeads．

RnBeads

Bioconductor版本:3.12

RnBeads有助于在基因组尺度上对各种类型的DNA甲基化数据进行综合分析。

作者:Yassen Assenov [aut]， Pavlo Lutsik [aut]， Michael Scherer [aut]， Fabian Mueller [aut, cre]

维护者:Fabian Mueller

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RnBeads")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RnBeads”)

PDF	R脚本	RnBeads综合DNA甲基化分析
PDF	R脚本	RnBeads注释
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，CpGIsland，DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylSeq，MethylationArray，预处理，质量控制，测序，软件，TwoChannel
版本	2.8.1发布
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.0)，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.25),GenomicRanges，质量，集群，ff，字段，ggplot2(> = 0.9.2),gplots，gridExtra，limma，matrixStats、方法、illuminaio，methylumi，plyr
进口	IRanges
链接
建议	类别，GOstats，Gviz，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，RPMM，RefFreeEWAS，RnBeads.hg19，RnBeads.mm9，XML，注释，biomaRt，foreach，doParallel，ggbio，isva，mclust，mgcv，minfi，nlme，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，quadprog，rtracklayer，qvalue，股东价值分析，西瓜，wordcloud，qvalue，argparse，glmnet，很高兴，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，尺度，missMethyl，嫁祸于，闪亮的，shinyjs，plotrix，hexbin，RUnit，MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RnBeads_2.8.1.tar.gz
Windows二进制	RnBeads_2.8.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RnBeads_2.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnBeads
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RnBeads
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RnBeads/
软件包下载报告	下载数据