Rfastp

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rfastp

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rfastp．

一个超快速和一体化的Fastq预处理器(质量控制，适配器，低质量和polyX修剪)和UMI序列解析)。

Bioconductor版本:3.12

Rfastp是用c++开发的fastp的R包装器。Fastp对fastq文件执行质量控制。包括低质量的基片修剪，polyX修剪，适配器自动检测和修剪，对端读取合并，UMI序列/id处理。Rfastp可以将多个文件连接成一个文件(如shell命令cat)，并接受多个文件作为输入。

作者:王伟[aut]，罗志勇[ctb]，托马斯·卡罗尔[加，加]

维护者:Thomas Carroll

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rfastp")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rfastp”)

超文本标记语言	R脚本	Rfastp
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于
进口	Rcpp，rjson，ggplot2，reshape2
链接	Rcpp，Rhtslib，zlibbioc
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rfastp_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	Rfastp_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Rfastp_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rfastp
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rfastp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rfastp/
软件包下载报告	下载数据