Repitools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Repitools。

外遗传性工具

Bioconductor版本:3.12

enrichment-based外遗传性数据的分析工具。外遗传性的特性包括摘要和可视化数据根据基因表达启动子上下文,查找差异甲基化区域/绑定,为量化BayMeth甲基化等。

作者:<马克马克。罗宾逊。罗宾逊在imls.uzh.ch >,Dario Strbenac , Aaron Statham , Andrea Riebler

维护人员:马克·罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Repitools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Repitools”)

PDF	R脚本	使用Repitools外遗传性测序数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,GeneExpression,MethylSeq,软件
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(9.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.8.0)
进口	平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayer,BSgenome(> = 1.47.3),gplots、网格质量,gsmoothr,刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy,林格,Rsolnp,集群
链接
建议	ShortRead,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Repitools_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	Repitools_1.36.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	Repitools_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Repitools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Repitools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Repitools/
包下载报告	下载数据