RepViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.RepViz

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RepViz．

基因组区域的复制导向可视化

Bioconductor版本:3.12

RepViz能够以简单有效的方式查看基因组区域。RepViz允许同时查看所研究条件的测序计数的组内和组间变化，以及它们与用户选择的数据分析方法的输出特征(例如已识别的峰值)的比较。RepViz工具主要用于染色质数据，如ChIP-seq和ATAC-seq，但也可以用于其他测序数据，如RNA-seq，或不同类型的基因组数据的组合。

作者:Thomas Faux, Kalle Rytkönen, Asta Laiho, Laura L. Elo

维护者:Thomas Faux, Asta Laiho < Faux。Thomas1 at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RepViz”)

超文本标记语言	R脚本	RepViz
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，报道，GenomicVariation，测序，软件，可视化，WorkflowStep
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.1)，GenomicRanges(> = 1.30.0),Rsamtools(> = 1.34.1),IRanges(> = 2.14.0),biomaRt(> = 2.36.0),S4Vectors(>= 0.18.0)，图形，grDevices, utils
进口
链接
建议	knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RepViz_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	RepViz_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RepViz_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RepViz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RepViz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RepViz/
软件包下载报告	下载数据