RegEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RegEnrich

基因调节剂富集分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道,例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。

作者:陶未扬[cre, aut], Aridaman Pandit [aut]

维护者:Tao未央

引文(从R内,输入引用(“RegEnrich”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“RegEnrich”)

超文本标记语言 R脚本 RegEnrich基因调节器富集
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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionFunctionalPredictionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGeneTarget网络NetworkEnrichmentNetworkInferenceRNASeq软件转录转录组TwoChannel
版本 1.0.1
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 4.0.0),S4Vectorsdplyr宠物猫BiocSetSummarizedExperiment
进口 randomForestfgsea剂量BiocParallelDESeq2limmaWGCNAggplot2(>= 2.2.0),reshape2magrittr
链接
建议 GEOqueryrmarkdownknitrBiocManagertestthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RegEnrich_1.0.1.tar.gz
Windows二进制 RegEnrich_1.0.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RegEnrich_1.0.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/
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