Rcade

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rcade

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rcade．

基于r的ChIP-seq和差分表达式分析-一个集成基于计数的ChIP-seq分析与差分表达式汇总数据的工具

Bioconductor版本:3.12

Rcade(代表“基于r的ChIP-seq和差分表达式分析”)是一个通过贝叶斯框架集成ChIP-seq数据与差分表达式汇总数据的工具。一个关键的应用是识别感兴趣的转录因子靶向的基因——也就是说，我们收集与ChIP-seq峰值相关的基因，以及在与该TF相关的一些扰动下的差异表达。

作者:乔纳森·凯恩斯

维护者:Jonathan Cairns

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Rcade")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rcade”)

PDF	R脚本	Rcade装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，GeneExpression，遗传学，测序，软件，转录
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，GenomicRanges，Rsamtools，baySeq
进口	utils, grDevices，统计，图形，rgl，plotrix，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges，GenomeInfoDb，GenomicAlignments
链接
建议	limma，biomaRt，RUnit，BiocGenerics，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rcade_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	Rcade_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rcade_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rcade
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rcade
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rcade/
软件包下载报告	下载数据