RaggedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.RaggedExperiment

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RaggedExperiment

跨样本的稀疏实验和分析的表示

Bioconductor版本:3.12

这个包提供了拷贝数、突变和其他数据的灵活表示,这些数据适合基因组位置数据的不规则数组模式。这些数据的基本表示形式为用户提供了一个矩形平面界面,在行中显示范围信息,在列中显示样本/标本。

作者:马丁·摩根[aut, cre],马塞尔·拉莫斯[aut]

维护者:马丁·摩根<马丁。在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“RaggedExperiment”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" raggeexperiment ")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RaggedExperiment”)

超文本标记语言 R脚本 RaggedExperiment
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation基础设施软件
版本 1.14.2
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.6.0),GenomicRanges(> = 1.37.17)
进口 BiocGenericsGenomeInfoDbIRanges矩阵MatrixGenerics、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatMultiAssayExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/Bioconductor/RaggedExperiment/issues
全靠我 CNVRangerTxRegInfra
进口我 cBioPortalDataomicsPrintRTCGAToolboxTCGAutils
建议我 curatedTCGADataMultiAssayExperimentMultiDataSet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RaggedExperiment_1.14.2.tar.gz
Windows二进制 RaggedExperiment_1.14.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RaggedExperiment_1.14.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RaggedExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ raggeexperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RaggedExperiment/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网