RUVSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RUVSeq

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RUVSeq．

从RNA-Seq数据中去除不需要的变化

Bioconductor版本:3.12

该包实现了Risso等人(2014)的去除不需要的变异(RUV)方法，用于样本之间RNA-Seq读取计数的规范化。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Lorena Pantano [ctb]， Kamil Slowikowski [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RUVSeq”)

PDF	R脚本	RUVSeq:从RNA-Seq数据中去除不需要的变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase，EDASeq(> = 1.99.1),刨边机
进口	方法,质量
链接
建议	BiocStyle，knitr，RColorBrewer，zebrafishRNASeq，DESeq2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/RUVSeq
BugReports	https://github.com/drisso/RUVSeq/issues
全靠我	rnaseqGene
进口我	consensusDE，ribosomeProfilingQC，司康饼
建议我	DEScan2
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RUVSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	RUVSeq_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RUVSeq_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RUVSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RUVSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RUVSeq/
软件包下载报告	下载数据