RUVSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RUVSeq

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RUVSeq

从RNA-Seq数据中去除不需要的变化

Bioconductor版本:3.12

该包实现了Risso等人(2014)的去除不需要的变异(RUV)方法,用于样本之间RNA-Seq读取计数的规范化。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph], Sandrine Dudoit [aut], Lorena Pantano [ctb], Kamil Slowikowski [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“RUVSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RUVSeq”)

PDF R脚本 RUVSeq:从RNA-Seq数据中去除不需要的变异
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncology预处理RNASeq软件
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiobaseEDASeq(> = 1.99.1),刨边机
进口 方法,质量
链接
建议 BiocStyleknitrRColorBrewerzebrafishRNASeqDESeq2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/drisso/RUVSeq
BugReports https://github.com/drisso/RUVSeq/issues
全靠我 rnaseqGene
进口我 consensusDEribosomeProfilingQC司康饼
建议我 DEScan2
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RUVSeq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 RUVSeq_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RUVSeq_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RUVSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RUVSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RUVSeq/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网