RTCGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RTCGA．

癌症基因组图谱数据集成

Bioconductor版本:3.12

癌症基因组图谱(TCGA)数据门户为研究人员提供了一个搜索、下载和分析TCGA生成的数据集的平台。它包含临床信息、基因组特征数据和肿瘤基因组的高水平序列分析。关键是要了解基因组学来改善癌症治疗。RTCGA包提供了使用患者条形码密钥下载和集成TCGA数据的种类和数量，使数据更容易拥有。这可能对科学的发展和患者治疗的改善产生有益的影响。此外，RTCGA包将TCGA数据转换为便于使用的整齐格式。

作者:Marcin Kosinski ,Przemyslaw Biecek

维护者:Marcin Kosinski

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RTCGA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RTCGA”)

超文本标记语言		集成TCGA数据- RTCGA工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	XML,为了,stringi,房车,data.table,xml2,dplyr,purrr,生存,survminer,ggplot2,ggthemes,冬青,knitr,尺度
链接
建议	devtools,testthat,老鸨,Biobase,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,RTCGA.rnaseq,RTCGA.clinical,RTCGA.mutations,RTCGA。RPPA,RTCGA.mRNA,RTCGA.miRNASeq,RTCGA.methylation,RTCGA。CNV,RTCGA。PANCAN12,magrittr,tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://rtcga.github.io/RTCGA
BugReports	https://github.com/RTCGA/RTCGA/issues
全靠我	RTCGA.clinical,RTCGA。CNV,RTCGA.methylation,RTCGA.miRNASeq,RTCGA.mRNA,RTCGA.mutations,RTCGA。PANCAN12,RTCGA.rnaseq,RTCGA。RPPA
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RTCGA_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGA_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RTCGA_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTCGA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGA/
软件包下载报告	下载数据