RSVSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.RSVSim

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RSVSim。

RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.12

RSVSim是一个用于模拟任何基因组中各种大小的删除、插入、反转、串联重复和易位的包，可作为fasta文件或BSgenome数据包。SV断点可以在整个基因组中统一放置，偏向于重复区域和高同源性区域(对于hg19)或用户提供的坐标。

作者:Christoph Bartenhagen

维护者:Christoph Bartenhagen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RSVSim")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RSVSim”)

PDF	R脚本	RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.0.0)，Biostrings，GenomicRanges
进口	方法,IRanges，ShortRead
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，质量，rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RSVSim_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	RSVSim_1.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	RSVSim_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RSVSim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RSVSim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RSVSim/
软件包下载报告	下载数据