此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RNAmodR.
Bioconductor版本:3.12
RNAmodR提供了用于从高通量测序中加载/聚合数据的类和工作流,旨在通过分析特定模式来检测转录后修饰。此外,还提供了实用程序来验证和可视化结果。RNAmodR包提供了一个核心功能,具体的分析策略可以很容易地作为一个单独的包实现。
作者:Felix G.M. Ernst [aut, cre],丹尼斯·拉方丹[ctb, nd]
维护者:Felix G.M. Ernst < Felix .gm。恩斯特在outlook.com>上写道
引文(从R内,输入引用(“RNAmodR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RNAmodR")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RNAmodR”)
超文本标记语言 | R脚本 | RNAmodR |
超文本标记语言 | R脚本 | RNAmodR -为新的检测策略创建新类 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 基础设施,测序,软件,可视化,WorkflowStep |
版本 | 1.4.2 |
在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 4.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomicRanges,Modstrings |
进口 | methods, stats, grDevices,matrixStats,BiocGenerics,Biostrings(> = 2.57.2),BiocParallel,GenomicFeatures,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,rtracklayer,Rsamtools,BSgenome,RColorBrewer,colorRamps,ggplot2,Gviz(> = 1.31.0),reshape2、图形、ROCR |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,RNAmodR。数据 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/FelixErnst/RNAmodR |
BugReports | https://github.com/FelixErnst/RNAmodR/issues |
全靠我 | RNAmodR。AlkAnilineSeq,RNAmodR。毫升,RNAmodR。RiboMethSeq |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RNAmodR_1.4.2.tar.gz |
Windows二进制 | RNAmodR_1.4.2.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | RNAmodR_1.4.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAmodR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNAmodR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RNAmodR/ |
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