RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RNASeqR

RNASeqR:用于自动两组RNA-Seq分析工作流程的R包

Bioconductor版本:3.12

该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“Reads比对与量化”、“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后,一个基本的RNASeq分析将很容易完成。

作者:超宽浩

维护人员:Kuan-Hao Chao

引文(从R内,输入引用(“RNASeqR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RNASeqR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RNASeqR”)

超文本标记语言 R脚本 基于单自变量的RNA-Seq分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐聚类DataImportDifferentialExpressionExperimentalDesignFunctionalPredictionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncology基础设施KEGG归一化通路质量控制RNASeq测序软件可视化
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0),ggplot2pathview刨边机、方法
进口 Rsamtools、工具、网状舞会礼服gridExtrarafalibFactoMineRfactoextracorrplotPerformanceAnalyticsreshape2DESeq2systemPipeRsystemPipeRdataclusterProfilerorg.Hs.eg.dborg.Sc.sgd.dbstringrpheatmap, grDevices,图形,统计,utils,剂量Biostrings、并行
链接
建议 knitrpng、网格RNASeqRData
SystemRequirements RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3,请确保'2to3'命令可用。
增强了
URL https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RNASeqR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) RNASeqR_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNASeqR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/
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