RIPAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIPAT

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RIPAT。

逆转录病毒集成模式分析工具(RIPAT)

Bioconductor版本:3.12

RIPAT开发作为逆转录病毒整合位点的R包注释和分布分析。RIPAT需要局部比对结果爆炸和咩咩的叫声。特定的输入格式是RIPAT手册中描述。RIPAT提供房车集成模式分析结果形式的R对象,excel文件与多个表和阴谋。

作者:Min-Jeong门敏(aut (cre)

维护人员:Min-Jeong门敏< mjbaek16在korea.ac.kr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RIPAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RIPAT”)

HTML	R脚本	RIPAT:逆转录病毒集成模式分析工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	biomaRt(> = 2.38.0),GenomicRanges(> = 1.34.0),ggplot2(> = 3.1.0)grDevices (> = 3.5.3),IRanges(> = 2.16.0),karyoploteR(> = 1.6.3),openxlsx(> = 4.1.4)plyr(> = 1.8.4),地区(> = 1.12.0),rtracklayer(> = 1.42.2),数据(> = 3.5.3),