RGMQL

doi:10.18129/b9.bioc.rgmql

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅RGMQL

r/bioconductor的静态查询语言

生物导体版本:3.12

该软件包将GENOMETRIC查询语言(GMQL)功能带入R环境。GMQL是一种高级,声明性的语言,用于用于生物医学目的的异质基因组数据集,使用简单的查询来处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL使用云计算技术(如Apache Hadoop和Spark)有效地采用了为大数据设计的算法,从而使GMQL能够在现代基础架构上运行,以实现可扩展性和高性能。它允许从本地和遥远的不同数据源创建,操纵和提取基因组数据。我们的RGMQL函数允许在r惯用范式上利用复杂的查询和处理。RGMQL软件包还提供了一组丰富的辅助类,可允许复杂的输入/输出管理和排序,例如:ASC,DESC,BAG,MIN,MAX,MAX,SUM,AVG,中位数,STD,Q1,Q1,Q2,Q3(以及许多)其他)。请注意,许多RGMQL函数并非在R环境中直接执行,而是在发出真实执行之前被推迟。

作者:Simone Pallotta,Marco Masseroli

维护者:Simone Pallotta

引用(从r内,输入引用(“ RGMQL”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rgmql”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rgmql”)

PDF R脚本 RGMQL:r/bioconductor的GENOMETRIC查询语言
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,网络,,,,Singlecell,,,,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(3年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.4.2),rgmqllib
进口 httr,,,,rjava,,,,基因组机,,,,rtracklayer,,,,Data.Table,utils,plyr,,,,XML2, 方法,S4VECTORS,,,,dplyr,统计胶水,,,,生物基因
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/gmql/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rgmql_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 RGMQL_1.10.0.ZIP
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rgmql
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rgmql
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rgmql/
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