REMP

DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅REMP

重复的元素甲基化预测

Bioconductor版本:3.12

基于机器学习工具来预测DNA甲基化locus-specific重复元素(重新)通过学习周围的遗传和表观遗传信息。这些工具提供了全基因组和单碱基的DNA甲基化预测再保险决议难以衡量使用基于数组或sequencing-based平台,使epigenome-wide协会研究(ewa)和差异甲基化区域(DMR)分析再保险。

作者:忆南向郑(aut (cre), Lei刘(aut)(音译)(aut),沃伦·基布(aut)贾丽芳侯(aut (cph)

维护人员:忆南向郑< y-zheng northwestern.edu >

从内部引用(R,回车引用(“REMP”)):

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“REMP”)

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文档

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文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,GenomeWideAssociation,MethylationArray,微阵列,多通道,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(4年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0)
进口 readr,rtracklayer、图表、数据、跑龙套、方法设置,BiocGenerics,S4Vectors,Biostrings,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel,doParallel平行,foreach,脱字符号,kernlab,管理员,BSgenome,AnnotationHub,org.Hs.eg.db,嫁祸于,迭代器
链接
建议 IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
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包档案

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源包 REMP_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 REMP_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉) REMP_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REMP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/
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