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RCy3
DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RCy3．
访问和控制细胞质的功能
Bioconductor版本:3.12
可视化，分析和探索网络使用Cytoscape通过R。
作者:Alex Pico [aut, cre]
， Tanja Muetze [aut]， Paul Shannon [aut]， Ruth Isserlin [ctb]， Shraddha Pai [ctb]， Julia Gustavsen [ctb]， Georgi Kolishovski [ctb]
维护者:Alex Pico < Alex。Pico在gladstone.ucsf.edu>
引文(从R内，输入引用(“RCy3”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RCy3")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“RCy3”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 01.RCy3 ~25 min概述 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 02.细胞图和铭文~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 03.细胞膜和石墨烯~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 04.导入数据~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 05.网络功能和可视化~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 06.癌症网络和数据~40分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 07.标识符映射~20分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 08.升级现有脚本~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 09.胞浆和NDEx ~20分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 10.组结~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 11.自定义图形和标签~10分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 12.过滤网络~10分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 13.系统发育树~3分钟 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork，网络，软件，ThirdPartyClient，可视化 |
| 版本 | 2.10.2 |
| 在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | httr、方法、RJSONIO，XML跑龙套,BiocGenerics，igraph统计数据,图，R.utils |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | Cytoscape (>= 3.7.1)， CyREST (>= 3.8.0) |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/cytoscape/RCy3 |
| BugReports | https://github.com/cytoscape/RCy3/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | categoryCompare，CeTF，MOGAMUN，NCIgraph，netDx，regutools，TimiRGeN，transomics2cytoscape |
| 建议我 | 石墨，rScudo |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RCy3_2.10.2.tar.gz |
| Windows二进制 | RCy3_2.10.2.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | RCy3_2.10.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3 |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
