RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RCy3

访问和控制细胞质的功能

Bioconductor版本:3.12

可视化,分析和探索网络使用Cytoscape通过R。

作者:Alex Pico [aut, cre], Tanja Muetze [aut], Paul Shannon [aut], Ruth Isserlin [ctb], Shraddha Pai [ctb], Julia Gustavsen [ctb], Georgi Kolishovski [ctb]

维护者:Alex Pico < Alex。Pico在gladstone.ucsf.edu>

引文(从R内,输入引用(“RCy3”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RCy3")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RCy3”)

超文本标记语言 R脚本 01.RCy3 ~25 min概述
超文本标记语言 R脚本 02.细胞图和铭文~5分钟
超文本标记语言 R脚本 03.细胞膜和石墨烯~5分钟
超文本标记语言 R脚本 04.导入数据~5分钟
超文本标记语言 R脚本 05.网络功能和可视化~15分钟
超文本标记语言 R脚本 06.癌症网络和数据~40分钟
超文本标记语言 R脚本 07.标识符映射~20分钟
超文本标记语言 R脚本 08.升级现有脚本~15分钟
超文本标记语言 R脚本 09.胞浆和NDEx ~20分钟
超文本标记语言 R脚本 10.组结~15分钟
超文本标记语言 R脚本 11.自定义图形和标签~10分钟
超文本标记语言 R脚本 12.过滤网络~10分钟
超文本标记语言 R脚本 13.系统发育树~3分钟
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GraphAndNetwork网络软件ThirdPartyClient可视化
版本 2.10.2
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于
进口 httr、方法、RJSONIOXML跑龙套,BiocGenericsigraph统计数据,R.utils
链接
建议 RUnitBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements Cytoscape (>= 3.7.1), CyREST (>= 3.8.0)
增强了
URL https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
全靠我
进口我 categoryCompareCeTFMOGAMUNNCIgraphnetDxregutoolsTimiRGeNtransomics2cytoscape
建议我 石墨rScudo
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RCy3_2.10.2.tar.gz
Windows二进制 RCy3_2.10.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RCy3_2.10.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网