R453Plus1Toolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.R453Plus1Toolbox

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见R453Plus1Toolbox。

用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包

Bioconductor版本:3.12

R453Plus1工具箱包括用于分析罗氏454测序平台生成的数据的有用功能。它增加了质量保证功能以及检测到的变体的注释和可视化功能，补充了罗氏提供的软件工具及其产品。此外，还提供了检测结构变异的管道。

作者:Hans-Ulrich Klein, Christoph Bartenhagen, Christian Ruckert

维护人员:Hans-Ulrich Klein

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("R453Plus1Toolbox")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“R453Plus1Toolbox”)

PDF	R脚本	用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，基础设施，质量控制，ReportWriting，测序，软件，可视化
版本	1.40.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(10.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.12.0)，方法，VariantAnnotation(> = 1.25.11),Biostrings(> = 2.47.6),Biobase
进口	utils, grDevices，图形，统计，工具，xtable，R2HTML，TeachingDemos，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector，GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment，biomaRt，BSgenome(> = 1.47.3),Rsamtools，ShortRead(> = 1.37.1)
链接
建议	rtracklayer，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	R453Plus1Toolbox_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	R453Plus1Toolbox_1.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	R453Plus1Toolbox_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/R453Plus1Toolbox
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/R453Plus1Toolbox
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/R453Plus1Toolbox/
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