ProteoMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoMM

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ProteoMM．

基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学分析平台

Bioconductor版本:3.12

ProteoMM是一种基于模型对单个或多个数据集进行肽水平差异表达分析的统计方法。对于多个数据集，ProteoMM会对多个数据集上的每个蛋白质产生单一的折叠变化和p值。ProteoMM提供了规范化、缺失值填充和差分表达式的功能。基于模型的肽水平灌注和包的差异表达分析组件遵循“基于自下而上质谱的蛋白质组学中蛋白质定量的统计框架”(Karpievitch等人)中描述的分析。生物信息学2009)。如“使用奇异值分解的自下而上的基于ms的蛋白质组学中峰值强度的标准化”所述，实现了EigenMS归一化。Karpievitch等。生物信息学2009)。

作者:Yuliya V Karpievitch, Tim Stuart和Sufyaan Mohamed

维护者:Yuliya V Karpievitch < Yuliya。K在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ProteoMM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“ProteoMM”)

超文本标记语言	R脚本	基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学平台
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，归一化，蛋白质组学，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (>= 3.5)
进口	gdata，biomaRt，ggplot2，ggrepel，gtools统计数据,matrixStats、图形
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ProteoMM_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ProteoMM_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ProteoMM_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ProteoMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ProteoMM/
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