PhyloProfile

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhyloProfile

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见PhyloProfile

PhyloProfile

Bioconductor版本:3.12

系统发育谱是一种探索复杂系统发育谱的工具。系统发育谱,即一组物种中基因的存在/缺失模式,通常用于追踪跨物种和时间的基因功能和进化历史。有了系统发育图谱,我们可以用序列/结构相似性等进一步的数据来丰富常规的系统发育图谱,使系统发育图谱更有意义。除了由R-Shiny提供的交互式可视化功能外,该软件包还提供了一组进一步的分析功能,以获得诸如基因年龄估计或核心基因识别等见解。

作者:Vinh Tran [aut, cre], Bastian Greshake Tzovaras [aut], Ingo Ebersberger [aut], Carla Mölbert [ctb]

维护者:Vinh Tran < Tran at bio.uni-frankfurt.de>

引文(从R内,输入引用(“PhyloProfile”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("PhyloProfile")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“PhyloProfile”)

超文本标记语言 R脚本 PhyloProfile
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataRepresentationFunctionalPredictionMultipleComparison软件可视化
版本 1.4.11
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 bioDistBiocStyleBiostringscolourpickerdata.tableDT能源ExperimentHubggplot2gridExtrapbapplyRColorBrewer闪亮的shinyBSshinyjsOmaDBplyrxml2动物园
链接
建议 knitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/BIONF/PhyloProfile/
BugReports https://github.com/BIONF/PhyloProfile/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 PhyloProfile_1.4.11.tar.gz
Windows二进制 PhyloProfile_1.4.11.zip
macOS 10.13 (High Sierra) PhyloProfile_1.4.11.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhyloProfile
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PhyloProfile
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PhyloProfile/
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