PGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PGA

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此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见PGA．

由RNA-Seq衍生的定制数据库识别新肽的包

Bioconductor版本:3.12

该软件包提供了基于RNA-Seq数据的定制蛋白质数据库的构建功能，包括基因组引导和不引导，数据库搜索，后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库既包括参考数据库(如Refseq或ENSEMBL)，也包括RNA-Seq数据中的新肽序列。

作者:徐少航，文博

维护者:温博，徐少航

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PGA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (PGA)

PDF	R脚本	PGA教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,ReportWriting,测序,软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)，IRanges,GenomicRanges,Biostrings(> = 2.26.3之前),data.table,rTANDEM
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringr,RCurl,喷嘴。R1,VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayer,RSQLite,ggplot2,AnnotationDbi,customProDB(> = 1.21.5),pheatmap,dplyr,processx,readr,seqinr
链接
建议	RMariaDB,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PGA_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	PGA_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PGA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PGA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PGA/
软件包下载报告	下载数据