OrganismDbi

DOI:10.18129 / B9.bioc.OrganismDbi

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见OrganismDbi

软件,使不同的数据库包的顺畅接口

Bioconductor版本:3.12

这个包为几个注释包提供了一个简单的统一接口,每个注释包都有自己的模式,因为每个注释包都实现了一个选择方法。

作者:Marc Carlson, Hervé Pagès, Martin Morgan, Valerie Obenchain

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“OrganismDbi”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("有机体dbi ")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“OrganismDbi”)

PDF R脚本 OrganismDbi:注释包的元框架
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释基础设施软件
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.14.0),方法,BiocGenerics(> = 0.15.10),AnnotationDbi(> = 1.33.15),GenomicFeatures(> = 1.39.4)
进口 BiobaseBiocManagerGenomicRanges(> = 1.31.13),IRangesRBGLDBIS4Vectors(>= 0.9.25), stats
链接
建议 Homo.sapiensRattus.norvegicusBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19AnnotationHubFDb.UCSC.tRNAsmirbase.dbrtracklayerbiomaRtRUnitRMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 Homo.sapiensMus.musculusRattus.norvegicus
进口我 AnnotationHubDataepivizrDataggbiogpart软件uncoverappLib
建议我 ChIPpeakAnnoepivizrStandalone
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 OrganismDbi_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 OrganismDbi_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) OrganismDbi_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OrganismDbi
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OrganismDbi
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/OrganismDbi/
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